Facultatea de Medicina Veterinară Cluj-Napoca este structurată pe 4 departamente, după cum urmează:
Departament I – Științe Preclinice
Fizica
Anatomie
Biochimie
Biologie celulara, histologie, embriologie
Fiziologie
Educaţie fizică
Departament II – Producţii animaliere şi siguranţă alimentară
Competențe transversale
Controlul sanitar veterinar al alimentelor
Economie rurală
Nutriţie
Genetică
Zootehnie
Igiena şi bunăstare
Practică
Departament III – Științe Clinice și Paraclinice
Microbiologie, Imunologie și Epidemiologie
Fiziopatologie
Farmacologie veterinară
Anatomie patologica
Chirurgie și ATI
Toxicologie
Departament IV – Științe Clinice
Medicală
Reproducție
Boli infecțioase
Parazitologie